Dresden

Nach den politischen Veränderungen in Deutschland erhielt das Institut 1992 in Dresden mit der Außenstelle Entwurfsautomatisierung EAS einen zweiten Standort. Der heutige Institutsteil Entwurfsautomatisierung EAS führt Forschungs- und Entwicklungsarbeiten für den rechnergestützten Entwurf von elektronischen und heterogenen Systemen durch.

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Fürth

Im Technikum Neue Materialien Fürth befindet sich der dritte Standort des Fraunhofer IIS. Dort sind das Entwicklungszentrum für Röntgentechnik , die Projektgruppe Ultrafeinfokus-Röntgentechnologie und das Zentrum für intelligente Objekte ZIO untergebracht.

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Nürnberg

Die Arbeitsgruppe Supply Chain Services SCS, die Abteilungen Leistungsoptimierte Systeme und Kommunikationsnetze sowie die Projektgruppe Netzzugangstechnik sind in der Forschungsfabrik Nürnberg angesiedelt.

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Würzburg

Die 2010 gegründete Projektgruppe Nano-Röntgensysteme zur Materialcharakterisierung arbeitet an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg eng zusammen mit dem neuen Stiftungslehrstuhl für Röntgenmikroskopie sowie dem Fraunhofer-Entwicklungszentrum für Röntgentechnik EZRT in Fürth, einer gemeinsamen Abteilung der Fraunhofer-Institute IIS Erlangen und IZFP Saarbrücken.

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Ilmenau

Die 2008 gegründete Projektgruppe Drahtlose Verteilsysteme / Digitaler Rundfunk DVT des Fraunhofer IIS arbeitet fachlich und räumlich sehr eng mit dem neuen Stiftungslehrstuhl Drahtlose Verteilsysteme / Digitaler Rundfunk der Technischen Universität Ilmenau zusammen.

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Kornberg

Auf dem Kornberg im Fichtelgebirge unterhält das Fraunhofer IIS eine Einrichtung zur Funkerprobung.