Pharma Services – Kundenspezifische Bildanalyse

Auftragsforschung und -entwicklung am Fraunhofer IIS

Seit mehr als 10 Jahren arbeiten unsere Experten an neuen Entwicklungen rund um die quantitative Bildanalyse, insbesondere in der Mikroskopie und Endoskopie.

Wir machen aus Ihren Bildern nutzbare Daten.  

Digitale Pathologie Dienstleistungen

Nutzen Sie unser umfassendes Know-how in der Bildanalyse in den Teilgebieten Histologie, Hämatologie und Mikrobiologie

  • Quantitative Analyse von Whole-Slide-Images (WSI) mithilfe von HALO, MICAIA oder kundenspezifischer Algorithmen
  • Kolokalisation in der Immunofluoreszenz
  • Detektion zellbasierter Immunhistochemie (IHC)
  • Detektion von Zell-Zell-Kontakten
  • Unterstützung zahlreicher Bildformate, einschließlich OME-TIFF, MRXS, SVS, TIFF und viele andere
  • Entwicklung kundenspezifischer Algorithmen und Anwendungen
  • Digitalisierung von Glas-Objektträgern (mehrere Auflösungen und Formate möglich, mittels Ölimmersion oder ohne)
  • Erstellung von Multiscanner-Datensätzen zum Training von Deep Learning Klassifikatoren
  • Effiziente Annotation von Gewebe oder Zellen

Analyse von Endoskopiebildern und –videos

  • Quantitative Auswertung von endoskopisch aufgenommener Videos
  • "Video nach Excel": Datenexport in eine CSV Datei und Auswertung durch ein Statistikprogramm
  • Tools und Methoden für die Datenannotation, inkl. webbasiertem Annotationsserver
  • KI-gestütztes Annotatieren: Annotation der Eingangsdaten, Training der Klassifikatoren, prädiktive Analysen verbliebener Daten, Fehlerkorrekturen, erneutes Training der Klassifikationsmodelle, wiederholte prädiktive Datenanalyse,...
  • Tests und Vermessungen anhand diverser Phantome

Unsere umfangreichen Inhouse-Kapazitäten

  • Erstklassige Bildanalyseplattformen für die Digitale Pathologie
  • Slide Scanner und Mikroskope verschiedener Anbieter
    • Zeiss AxioScan, Zeiss AxioImager, Motic EasyScan, PreciPoint M8, Fraunhofer SCube, Fraunhofer iSTIX®
    • Erleichtert die Erstellung von Multiscanner-Datensätzen für das Training robuster KI-Modelle
  • Deep Learning Cluster
    • 34 Knoten, 88 GPUs
  • Sicherer Datenaustausch über die Fraunhofer ownCloud oder FTP-Server.
  • Kundenspezifische Entwicklung in Python oder C++, z.B. mit SciKit, NumPy, OpenCV, TensorFlow, ...
 

KI-basierte Bildanalyse mit MICAIA®

Digitale Pathologie-Bildanalysesoftware für Forschende

 

iSTIX® – Manuelles Whole Slide Imaging

 

Softwareentwicklung zur Auswertung und Aufbereitung von Bilddaten

Unser Fokus sind Problemstellungen

  • rund um die Mikroskopie, insb. Digitale Pathologie und Fluoreszenzmikroskopie
  • die Endoskopie, insb. Panoramaerstellung und Detektion von Objekten und Pathologien (z.B. Polypen)