Bildanalyse für die Mikroskopie

Bildanalyse für die Mikroskopie

Bildanalyse für die Mikroskopie

Bildanalyse für die Mikroskopie

Wir haben bereits eine lange Historie in der quantitativen Auswertung mikroskopischer Bilder.
Der erste Schritt ist jedoch die Digitalisierung der Proben in ein Whole Slide Image (WSI).
iSTIX® ist unsere Low-Budget Lösung zum manuellen Whole-Slide Imaging. Es upgradet Ihr Mikroskop in einen Scanner.
 

Verfahren

Für die Auswertung setzen wir

  • neben “klassischen“ Algorithmen
  • zuletzt auch zunehmend häufiger KI-basierte Deep Learning Verfahren ein


Vorgehen

Hierfür kooperieren wir in der Regel mit klinischen Partnern.

  1. Gemeinsam sichten wir erste Beispielbilder und lassen uns die biologischen Hintergründe und Forschungsfragen erklären
  2. Wir übersetzen die Fragestellung in ein Informatikproblem und entwerfen einen ersten Algorithmus
  3. Gemeinsam verfeinern wir in üblicherweise mehreren Iterationen das Verfahren


Infrastruktur

Dabei können wir auf folgende Infrastruktur zurückgreifen:

  • On-Site Deep Learning Cluster mit 72x NVIDIA P100 und 16x P40 GPUs
  • On-Site CPU Cluster mit 864 Cores
  • ZEISS Axio Scan.Z1 Slide Scanner für Hellfeld und Fluoreszenz
  • ZEISS Axio Imager 2 Mikroskop für Hellfeld und Fluoreszenz
  • PreciPoint M8 Mikroskop
  • Unsere SCube® Scanning Plattform mit Unterstützung für z-Stacks und hochaufgelöste Immersionsmikroskopie
 

Digitale Pathologie

Quantifizierung von HE-gefärbten und immungefärbten Whole Slide Images

 

 

iSTIX® – Manuelles Whole Slide Imaging

 

Mit der Software lässt sich ein Mikroskop mit Kamera als manueller Scanner von Whole-Slide-Images nutzen

 

 

 

Fluoreszenzmikroskopie

Analyse von Fluoreszenzmikroskopiebildern für die Life Science Forschung

 

 

Hämatologie

Optische Analyse von Blutproben

 

 

Wir sind Ihr Entwicklungspartner für die medizinische Bildanalyse – sprechen Sie uns an!

 

Virtuelle Mikroskopie für Training und Lehre

 

QSP

Quality Slide Program
QSP erlaubt eine virtuelle Laboruntersuchung von Blutabstrichen für die Qualifikation von Mitarbeitern in der Hämatologie.

Virtuelle Ringversuche

Gemeinsam mit dem Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin und weiteren Partnern entwickeln wir eine web-basierte Trainingsplattform für die Qualitätssicherung in der Labormedizin. Dafür digitalisieren und annotieren wir derzeit eine einzigartiges Set von Präparaten für die Ringversuche Parasiten im Blut und Parasiten im Stuhl.

Aktuelles

 

Interview

Digitale Pathologie

Ein KI-Projekt von Fraunhofer IIS und Uniklinik Erlangen  

Prof. Dr. med. Arndt Hartmann
Universitätsklinikum Erlangen

Dr. med. Carol-Immanuel Geppert
Universitätsklinikum Erlangen

Volker Bruns
Fraunhofer IIS

 

Digitales Fraunhofer Event

Fraunhofer Solution Days 2020

Was erwartet Sie?

Vom 26. – 29. Oktober 2020 adressieren wir vier Themen: Gesundheit. Digitale Wirtschaft. Anlagen- und Maschinenbau. Mobilität.

Save-the-date: 28. Oktober, 13:30 - 13:50: Vortrag Digitale Pathologie & Künstliche Intelligenz

 

analytica virtual

Seien Sie dabei – ganz bequem von zuhause aus.
Die analytica virtual findet vom 19. bis 23. Oktober 2020 statt. 5 Tage lang, rund um die Uhr! Wir freuen uns auf Sie!

Save-the-date: 19.10, 13:00-13:30: Digitale Pathologie & Künstliche Intelligenz

 

Onkologischen Symposium „Vom Biomarker zur Therapie“ / 13.11.2020

Vortrag - Digitale Pathologie und künstliche Intelligenz (KI)

Virtuelles Onkosymposium via Livestream

 

Virtuelle Veranstaltung

7th Digital Pathology & AI Congress

Utilizing AI & digital pathology to advance pathology practice & enable enhanced patient care

 

Der 7th Digital Pathology & AI Congress findet vom 11. - 13. November virtuell statt.

 

weiter.vorn Magazin der Fraunhofer Gesellschaft

Corona auf der Spur

 

Verbesserung der Transparenz und Akzeptanz Künstlicher Intelligenz in der Pathologie

Interview mit Volker Bruns sowie unseren klinischen Partnern, Prof. Dr. Brochhausen-Delius, stellv. Leiter des Instituts für Pathologie an der UK Regensburg sowie Dr. Geppert, OA und Leiter der AG Digitale Pathologie am UK Erlangen-Nürnberg im Fraunhofer Magazin.

 

Pressemeldung

Projekt PathoScan

Modulare KI-Lösung erleichtert die tägliche Routinearbeit, Gewebeproben bereits vor der Aufnahme in das Ladesystem auf Qualitätsmängel zu untersuchen und bei Bedarf auszusortieren.

 

24. März 2020 bei der Norgine GmbH

Fachpressgespräch "Darmkrebs-Screening: Die Zukunft hat begonnen"

Künstliche Intelligenz (KI) in der Gastroenterologie mit einem Vortrag per Videokonferenz von Dr. Wittenberg zum Thema "Digitalisierte Detektion und Diagnose: Die intelligente Koloskopie"

 

 

Trillium Diagnostik, Februar 2019

Einsatz von Künstlicher Intelligenz in der digitalen Pathologie - Auf dem Sprung in die Routine?

Interview mit Dr. Carol Geppert (Universitätsklinikum Erlangen) und Volker Bruns, Leiter des Geschäftsfeldes "Medizinische Bildanalyse und Maschinelles Lernen" am Fraunhofer IIS

 

IKOSA ISTIX®:

KML Vision und Fraunhofer IIS vereinbaren strategische Partnerschaft

 

Forschungsschwerpunkt Machine Learning

Einen Überblick unserer Technologien finden Sie unter folgendem Button

 

Weitere Informationen

Broschüre

»Engineering. Imaging. Sensors. Analysis.«

Überblick über aktuelle und abgeschlossene Forschungsthemen

Entwicklungspartner für individuelle Medizintechnik

Forschungs- und Entwicklungsdienstleistungen aus einer Hand