Wir haben bereits eine lange Historie in der quantitativen Auswertung mikroskopischer Bilder.
Der erste Schritt ist jedoch die Digitalisierung der Proben in ein Whole Slide Image (WSI).
iSTIX® ist unsere Low-Budget Lösung zum manuellen Whole-Slide Imaging. Es upgradet Ihr Mikroskop in einen Scanner.
Verfahren
Für die Auswertung setzen wir
- neben “klassischen“ Algorithmen
- zuletzt auch zunehmend häufiger KI-basierte Deep Learning Verfahren ein
Vorgehen
Hierfür kooperieren wir in der Regel mit klinischen Partnern.
- Gemeinsam sichten wir erste Beispielbilder und lassen uns die biologischen Hintergründe und Forschungsfragen erklären
- Wir übersetzen die Fragestellung in ein Informatikproblem und entwerfen einen ersten Algorithmus
- Gemeinsam verfeinern wir in üblicherweise mehreren Iterationen das Verfahren
Infrastruktur
Dabei können wir auf folgende Infrastruktur zurückgreifen:
- On-Site Deep Learning Cluster mit 72x NVIDIA P100 und 16x P40 GPUs
- On-Site CPU Cluster mit 864 Cores
- ZEISS Axio Scan.Z1 Slide Scanner für Hellfeld und Fluoreszenz
- ZEISS Axio Imager 2 Mikroskop für Hellfeld und Fluoreszenz
- PreciPoint M8 Mikroskop
- Unsere SCube® Scanning Plattform mit Unterstützung für z-Stacks und hochaufgelöste Immersionsmikroskopie