Bildanalyse für die Mikroskopie

Wir haben bereits eine lange Historie in der quantitativen Auswertung mikroskopischer Bilder.
Der erste Schritt ist jedoch die Digitalisierung der Proben in ein Whole Slide Image (WSI).
iSTIX^® ist unsere Low-Budget Lösung zum manuellen Whole-Slide Imaging. Es upgradet Ihr Mikroskop in einen Scanner.
 

Verfahren

Für die Auswertung setzen wir

• neben “klassischen“ Algorithmen
• zuletzt auch zunehmend häufiger KI-basierte Deep Learning Verfahren ein

Vorgehen

Hierfür kooperieren wir in der Regel mit klinischen Partnern.

1. Gemeinsam sichten wir erste Beispielbilder und lassen uns die biologischen Hintergründe und Forschungsfragen erklären
2. Wir übersetzen die Fragestellung in ein Informatikproblem und entwerfen einen ersten Algorithmus
3. Gemeinsam verfeinern wir in üblicherweise mehreren Iterationen das Verfahren

Infrastruktur

Dabei können wir auf folgende Infrastruktur zurückgreifen:

• On-Site Deep Learning Cluster mit 72x NVIDIA P100 und 16x P40 GPUs
• On-Site CPU Cluster mit 864 Cores
• ZEISS Axio Scan.Z1 Slide Scanner für Hellfeld und Fluoreszenz
• ZEISS Axio Imager 2 Mikroskop für Hellfeld und Fluoreszenz
• PreciPoint M8 Mikroskop
  
• Unsere SCube^® Scanning Plattform mit Unterstützung für z-Stacks und hochaufgelöste Immersionsmikroskopie