Digitale Pathologie

Quantifizierung von HE-gefärbten und immungefärbten Whole Slide Images – Unsere Bildanalyse-„Apps“ integrieren wir in unsere MICAIA-Software-Plattform.

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iSTIX® Small Intestine 20x
Dünndarm aufgenommen mit 20x Objektiv.

iSTIX® – Manuelles Whole Slide Imaging

Mit der Software lässt sich ein Mikroskop mit Kamera als manueller Scanner von Whole-Slide-Images nutzen.

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Digitale Pathologie

Quantifizierung von HE-gefärbten und immungefärbten Whole Slide Images – Unsere Bildanalyse-„Apps“ integrieren wir in unsere MICAIA-Software-Plattform.

 

 

iSTIX® – Manuelles Whole Slide Imaging

Mit der Software lässt sich ein Mikroskop mit Kamera als manueller Scanner von Whole-Slide-Images nutzen
 

Video: Slide Scanning and Ki-67 Scoring using VMscope’s Cognition Master Professional Suite

 

 

 

 

Wir sind Ihr Entwicklungspartner für die medizinische Bildanalyse – sprechen Sie uns an!

 

Wir haben bereits eine lange Historie in der quantitativen Auswertung mikroskopischer Bilder.
Der erste Schritt ist jedoch die Digitalisierung der Proben in ein Whole Slide Image (WSI).
iSTIX® ist unsere Low-Budget Lösung zum manuellen Whole-Slide Imaging. Es upgradet Ihr Mikroskop in einen Scanner.
 

Verfahren

Für die Auswertung setzen wir

  • neben “klassischen“ Algorithmen
  • zuletzt auch zunehmend häufiger KI-basierte Deep Learning Verfahren ein


Vorgehen

Hierfür kooperieren wir in der Regel mit klinischen Partnern.

  1. Gemeinsam sichten wir erste Beispielbilder und lassen uns die biologischen Hintergründe und Forschungsfragen erklären
  2. Wir übersetzen die Fragestellung in ein Informatikproblem und entwerfen einen ersten Algorithmus
  3. Gemeinsam verfeinern wir in üblicherweise mehreren Iterationen das Verfahren


Infrastruktur

Dabei können wir auf folgende Infrastruktur zurückgreifen:

  • On-Site Deep Learning Cluster mit 72x NVIDIA P100 und 16x P40 GPUs
  • On-Site CPU Cluster mit 864 Cores
  • ZEISS Axio Scan.Z1 Slide Scanner für Hellfeld und Fluoreszenz
  • ZEISS Axio Imager 2 Mikroskop für Hellfeld und Fluoreszenz
  • PreciPoint M8 Mikroskop
  • Unsere SCube® Scanning Plattform mit Unterstützung für z-Stacks und hochaufgelöste Immersionsmikroskopie

Virtuelle Mikroskopie

 

Fluoreszenzmikroskopie

Analyse von Fluoreszenzmikroskopiebildern für die Life Science Forschung

 

 

Hämatologie

Optische Analyse von Blutproben

 

Virtuelle Ringversuche

Gemeinsam mit dem Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin und weiteren Partnern entwickeln wir eine web-basierte Trainingsplattform für die externe Qualitätssicherung in der Labormedizin. Dafür digitalisieren und annotieren wir derzeit ein einzigartiges Set von Präparaten für die Ringversuche Parasiten im Blut und Parasiten im Stuhl.

 

QSP

Quality Slide Program
QSP erlaubt eine virtuelle Laboruntersuchung von Blutabstrichen für die Qualifikation von Mitarbeitern in der Hämatologie.

Aktuelles

ParasiteWeb - Demo platform

The online tool for training and quality control of parasite microscopy

Recording of the BVM workshop 2021

Robust Slide
Cartography in Colon Cancer Histology

Evaluation on a Multi-scanner Database

Live Event Recording

Computational
Pathology Research in
GI Histopathology

PreciPOINT, Fraunhofer IIS

weiter.vorn Magazin der Fraunhofer Gesellschaft

Corona auf der Spur

 

Verbesserung der Transparenz und Akzeptanz Künstlicher Intelligenz in der Pathologie

Interview mit Volker Bruns sowie unseren klinischen Partnern, Prof. Dr. Brochhausen-Delius, stellv. Leiter des Instituts für Pathologie an der UK Regensburg sowie Dr. Geppert, OA und Leiter der AG Digitale Pathologie am UK Erlangen-Nürnberg im Fraunhofer Magazin.

 

Interview

Digitale Pathologie

Ein KI-Projekt von Fraunhofer IIS und Uniklinik Erlangen  

Prof. Dr. med. Arndt Hartmann
Universitätsklinikum Erlangen

Dr. med. Carol-Immanuel Geppert
Universitätsklinikum Erlangen

Volker Bruns
Fraunhofer IIS

 

Pressemeldung

Projekt PathoScan

Modulare KI-Lösung erleichtert die tägliche Routinearbeit, Gewebeproben bereits vor der Aufnahme in das Ladesystem auf Qualitätsmängel zu untersuchen und bei Bedarf auszusortieren.

 

IKOSA ISTIX®:

KML Vision und Fraunhofer IIS vereinbaren strategische Partnerschaft

 

Forschungsschwerpunkt Machine Learning

Einen Überblick unserer Technologien finden Sie unter folgendem Button

 

Weitere Informationen

Medical Image Analysis – Publikationen

Hier finden Sie unsere Veröffentlichungen gegliedert nach Jahren.

Überblick über aktuelle und abgeschlossene Forschungsthemen

Entwicklungspartner für individuelle Medizintechnik

Forschungs- und Entwicklungsdienstleistungen aus einer Hand